---
title: "4.14.2 De SNP-merker (2024)"
canonical: "https://wiki.groenkennisnet.nl/space/LFH/302088436/4.14.2%20De%20SNP-merker%20(2024)"
format: markdown
---
Een SNP is een locatie op het genoom waar een enkele base is vervangen door een andere. Met andere woorden, een SNP is het resultaat van een puntmutatie. Dit wordt geïllustreerd in de onderstaande figuur, waar stukjes DNA-sequentie worden gegeven voor vier individuen.

![image](media://5801a549-4e5c-4a01-b704-8fa158c4320f)

Alle vier de individuen zijn identiek, behalve op één enkele positie, waar de basen A en G beide voorkomen. De enige genetische variatie tussen deze vier individuen, gezien dit stukje DNA, kan worden beschreven door de variatie in deze SNP te bekijken. Omdat het slechts om één nucleotide gaat, bedraagt het aantal allelen maximaal twee. In theorie zou het kunnen gebeuren dat hetzelfde nucleotide tweemaal is gemuteerd, waardoor er drie varianten zijn ontstaan, dus drie allelen, maar in de praktijk is dit nooit het geval. Bij een toenemend aantal diersoorten zijn zeer veel SNP's (>>>100.000) gedetecteerd. Commerciële bedrijven hebben zogenaamde SNP-chips ontworpen die worden gebruikt voor het genotyperen van dieren voor een selectie van SNPs (variërend in grootte van 10.000 tot >700.000 SNPs), die mooi verspreid zijn over het genoom.

En als je de volledige DNA-sequentie van een dier wilt uitlezen, als je alle nucleotiden op alle chromosomen wilt identificeren, kun je kiezen voor Whole Genome Sequencing. De kosten daarvan dalen nog steeds. Deze methode wordt toegepast als je de genetische variatie in een populatie zeer nauwkeurig wilt vaststellen.