In een populatie kunnen we de allelfrequentie en de genotypefrequenties van enkelvoudige kenmerken berekenen. Dit is waardevol wanneer je een dier hebt met bekende allelen voor een bepaald kenmerk en je wilt de kans berekenen dat je een ander dier met het gewilde genotype (voor de fokkerij) vindt.

Laten we een enkelvoudig kenmerk nemen dat twee allelen heeft: Z en z. Dan kunnen dieren één uit drie genotypen hebben: Z/Z, Z/z, of z/z. Bijvoorbeeld: in een populatie met 630 dieren hebben we 375 dieren geteld met het genotype Z/Z, 218 met het genotype Z/z en 37 met het genotype z/z. De frequentie van de drie genotypen in de populatie is: 375/630 = 0,595; 218/630 = 0,346 en 37/630 = 0,059.

De allelfrequentie wordt als volgt berekend: Z/Z dieren hebben 2 Z allelen, Z/z dieren hebben 1 Z allel en z/z dieren hebben 0 Z allelen. Dus, de frequentie van het Z allel is: 0,595 + 0,5 * 0,346 = 0,768. De Z/z dieren hebben 1 z allel en de z/z dieren hebben 2 z allelen. Dus de frequentie van het z allel is: 0,5 * 0,346 + 0,059 = 0,232. In populatie genetica wordt de allelfrequentie genoteerd als de frequentie van p en q. In dit geval is p = 0,768 en q = 0,232. De som van p en q is altijd gelijk aan 1 (in dit voorbeeld: 0,768 + 0,232).